Il confirma le jugement de Célestin III qui jetait l'Interdit sur le royaume de France depuis que Philippe Auguste avait au lendemain de son mariage en 1193 répudiée Isambour, (soeur de Kanut VI - roi du Danemark) sa deuxième épouse, accusée de ne pas accomplir son devoir conjugal, ce que conteste Isambour. Philippe Auguste ne la reprendra véritablement qu'en 1213.

En 1202 Innocent donne l'ordre de prêcher la quatrième croisade qui se révèlera comme un désastre religieux et n'aura rien de commun avec la libération de la Palestine. Au contraire les sordides tractations endossées par les vénitiens comblent les intérêts de la papauté, désireuse de balayer l'affront subit par le schisme d'Orient en 1054. Les croisés ont raflé les trésors de Constantinople en 1204, puis sont rentrés chez eux ...

En 1208 Innocent brouillé avec Jean sans Terre jette l'Interdit sur le royaume d'Angleterre et frappe le roi d'excommunication qui finalement se soumet également à la suprématie du St Siège.

Egalement en 1208, le pape reconnaît la souveraineté d' OTHON IV de Brunswick après l'assassinat de Philippe de Hohenstaufen, et le couronne empereur d'Allemagne. Mais ne respectant pas ses accords avec le St Siège, Othon décide d'envahir la Sicile. Le Pape l'excommunia et lui opposa son pupille Frédéric II né en 1194 qu'il couronna empereur en 1212.

En 1214 Othon IV et sa coalition furent battus à la bataille de Bouvines par Philippe-Auguste. Battu, déposé et excommunié le malheureux empereur déchu se réfugia en Belgique jusqu'à sa mort. (1218)

Innocent  III organisa l'alliance qui permit aux espagnols de remporter la reconquête de leurs terres annexées par les musulmans (Bataille de Las Navas de Tolosa - 1212)

C'est également lui qui le 10 mars 1208 autorisa la croisade contre les cathares dans le Sud de la France, il appela les croisés du Nord, soit près de 300 000 hommes : Flamands, Normands, Aquitains, Bourguignons et Allemands qui participèrent avec leurs évêques à ce génocide des gens du Sud qui commença le 21 Juillet 1209 devant Béziers, la ville martyr où 25 000 français allaient être exterminés et comme on trouvait pas assez de Cathares hérétiques on s'attaqua aux personnes et biens des chrétiens  sans faire la différence ! Ce très long massacre qui s'acheva sous le règne de Saint Louis, prit le nom de guerres de religions...

1215 - Le 4è concile de Latran précise que les Cathares seront livrés au bras séculier (pouvoir civil chargé d'exécuter les sentences) et que leurs biens seront confisqués.(voir notre encadré : la Guerre contre les Cathares)

1216 - mort d'Innocent III, Honorius III élu deux jours après son décès poursuivra la lutte contre les Cathares.