Né en 1194, il sera orphelin dans la même année de père et de mère (Constance de Sicile étant morte en 1197). Transféré à la cour royale de Sicile, il aura le pape pour tuteur et il y rencontrera de nombreux étrangers, en particulier des maures, Frédéric y apprendra : l'arabe, l'italien, l'allemand...
Le nouvel empereur d'Allemagne et de Sicile prêtera serment d'allégeance au St Siège et promettra de partir en croisade pour libérer les lieux saints reconquis par les maures. La 5è croisade vient de prendre Damiette et le légat du pape s'imagine que le nouvel empereur va arriver pour conquérir l'Egypte ! Au bout de huit années d'attente HONORIUS III perd patience et excommunie en 1227 l'empereur qui entre-temps s'est marié avec Yolande, fille du champenois Jean de Brienne qui est à la fois : roi de Jérusalem et empereur de Byzance.
Al-Kamel qui l'appelle son ami, lui donnera un droit de passage aux lieux saints pour les pèlerins, la neutralité de Jérusalem, ainsi qu'un droit d'accès aux lieux saints de Nazareth et de Bethléem.
En 1230 il est de retour en Italie pour réprimer un soulèvement et imposer au pape Grégoire IX la paix de San Germano.
Son fils Henri VII (élu roi des romains en 1220) qui assurait la régence en Allemagne sous la tutelle d'Engelberg (l'archevêque de Cologne) se soulève contre son père. Frédéric le défait et emprisonne son fils en Italie. Henri VII s'y empoisonna en 1242.
Cultivé et imprévisible, il fut un homme très critiqué par l'Eglise qui le surnomma : l'Antéchrist, ce qui ne l'empêcha pas d'être le défenseur de l'orthodoxie chrétienne et d'autres religions comme le judaïsme et l'ISLAM dont il avait adopté les moeurs puisqu'il parlait plusieurs langues dont l'arabe et possédait un harem à sa cour de Sicile où il se plaisait à résider habituellement.
Par contre il se montra sévère contre les sectes accusées d'hérésies surtout en Allemagne où il laissa l'Inquisition brûler de nombreux Juifs, Vaudois, Cathares ou autres dissidents contestataires...
Son fils Conrad IV lui succéda pour quatre années.